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运输合同纠纷可以通过协商，调解，仲裁和诉讼方式处理。如果可以协商，由双方当事人按照协议内容处理。托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。《民法典》第八百一十条从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求。

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运输合同纠纷的处理方式有以下四种：1、协商；2、调解；3、仲裁；4、诉讼如果可以协商，由双方当事人按照协议内容处理托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任《中华人民共和国民法典》第八百零九条规定，运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同第八百一十条规定，从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求法律依据：《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同第八百一十条从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求

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处理运输合同纠纷如下：可以通过当事人协商，人民调解委员会或者其他第三方机构调解、根据仲裁条款或者仲裁协议申请仲裁，以及向有管辖权的法院提起诉讼来解决。诉讼是解决合同纠纷的最终形式，在协商、调解不成以及无法达成仲裁协议的情况下才可以提起。法律依据：《民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。

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