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公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。劳动者在拖欠工资的维权中需注意什么1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录；2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资；3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁；4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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如果用人单位扣除劳动者的工资，没有正当理由的，劳动者可以要求其足额进行给付；单位拒绝的，劳动者可通过去劳动局投诉、申请仲裁、协商等方式处理。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。《中华人民共和国劳动法》第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。

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违反公司规定扣除全部工资不合法。劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的，可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。劳动者在用人单位扣除工资过多时可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

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