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工程合同争议可以通过协商、和解、仲裁、诉讼处理。发生工程合同争议时，合同当事人可以率先私下协商处理争议，协商不成的可以按照工程合同的约定交由指定机构进行仲裁，或向人民法院提起诉讼。法律依据：《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。《民事诉讼法》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

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工程合同争议的处理如下：产生工程合同争议后，工程合同的当事人可以协商进行处理，双方协商不成的可由第三人进行调解，调解不成的可以申请仲裁，不能申请仲裁的可以直接向法院起诉。法律依据：《仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。《民事诉讼法》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

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工程合同纠纷的处理方式有：1、当事人自愿协商解决；2、第三人（人民调解委员会）居中调解；3、向仲裁委员会申请仲裁；4、向人民法院起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又无仲裁条款，则可以向人民法院起诉。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第七百八十八条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。

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