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处理承包纠纷的方式是：1、当事人自行协商解决合同纠纷；2、第三方机构居中调解；3、向仲裁委员会申请仲裁；4、诉讼，通过诉讼解决纠纷也是解决合同纠纷的最终手段。法律依据：《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第六条因发包方违法收回、调整承包地，或者因发包方收回承包方弃耕、撂荒的承包地产生的纠纷，按照下列情形，分别处理：（一）发包方未将承包地另行发包，承包方请求返还承包地的，应予支持；（二）发包方已将承包地另行发包给第三人，承包方以发包方和第三人为共同被告，请求确认其所签订的承包合同无效、返还承包地并赔偿损失的，应予支持。但属于承包方弃耕、撂荒情形的，对其赔偿损失的诉讼请求，不予支持。前款第（二）项所称的第三人，请求受益方补偿其在承包地上的合理投入的，应予支持。

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