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工资个人所得税由公司代扣代缴，申报缴纳至税务机关。扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。个人所得税一般由支付工资或个人所得的企业或单位代扣代缴，不需要哪些步骤或者手续。按照税率在当月工资表中代扣，月度申报即可。年收入超过12万元含的且无单位代扣代缴的，需按规定时间到地税局自行申报。扣缴义务人在代扣税款时，必须向纳税人开具税务机关统一印制的代扣代受税款凭证，并详细说明纳税人姓名、工作单位、家庭住址、和居民身份证或护照号码等个人情况。：《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。

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法律分析：公司账上给员工发工资个人所得税是直接从工资里扣的，即在发放工资时已经将个人所缴纳的个人所得税直接从工资里扣除发放。工资是先扣除五险一金再扣除个人所得税的，其中社保和公积金是同步扣除，不存在先后顺序，扣完五险一金之后，再减去个人所得税专项扣除项目，剩下的金额如果在5000元以上，就需要扣个人所得税，如果在5000元以下，就免除缴纳个人所得税。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第十一条居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。第十三条纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。

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公司账上给员工发工资个人所得税是直接从工资里扣的，即在发放工资时已经将个人所缴纳的个人所得税直接从工资里扣除发放。工资是先扣除五险一金再扣除个人所得税的，其中社保和公积金是同步扣除，不存在先后顺序，扣完五险一金之后，再减去个人所得税专项扣除项目，剩下的金额如果在5000元以上，就需要扣个人所得税，如果在5000元以下，就免除缴纳个人所得税。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第十一条居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。第十三条纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。

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