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员工上班迟到被扣工资，如果用人单位的规章制度有明确规定的，是合法的；如果规章制度和劳动合同都没有规定，那么用人单位属于克扣劳动者工资，由劳动行政部门责令支付。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。《中华人民共和国劳动法》第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的。

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员工上班迟到被扣工资不合法，但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

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法律分析：正常情况下不扣工资。劳动者解除劳动合同，应当提前30日以书面形式通知用人单位。劳动者违反法律规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失应当依法承担赔偿责任。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第三十一条劳动者解除劳动合同，应当提前30日以书面形式通知用人单位。

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