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劳动者在离职时被克扣工资的，可以先和用人单位进行协商，协商不成或者达成和解协议后对方不履行的，可以向调解组织申请调解，之后调解失败的，可以申请仲裁，之后仲裁失败的，可以起诉。法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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离职被克扣工资的，建议先和用人单位进行协商，协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解，之后调解失败的，可以申请仲裁，之后仲裁失败的，可以起诉。法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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公司扣员工工资的处理方法：可以与用人单位进行协商，对扣工资的部分进行了解，在根据签订的劳动合同决定是否属于克扣工资的情形；也可以向企业的调解委员会申请调解。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

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