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农村合作医疗住院报销比例如下：1、乡镇级（一级医院）住院报销的比例是85%，起付线是200元；2、县级（二级医院）住院报销的比例是70%，起付线是500元；3、市级（三级医院）住院报销的比例是55%，起付线是700元；4、省级（三级医院）住院报销的比例是50%，起付线是1000。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

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农村合作医疗的住院报销比例：村卫生室及村中心卫生室就诊的可报销60%，每次就诊处方药费的报销限额为10元；镇卫生院的报销比例为40%；二级医院的比例为30%；而三级医院的报销比例为20%等。法律依据：农村合作医疗的住院报销比例：村卫生室及村中心卫生室就诊的可报销60%，每次就诊处方药费的报销限额为10元；镇卫生院的报销比例为40%；二级医院的比例为30%；而三级医院的报销比例为20%等。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

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法律分析：1、按照医院等级：乡镇指定医院，农民花销100元以上的报销比例可达到85%；县级医院按照400元以上可报销，比例达到75%；市级医院需达到1000元以上才可报销，报销比例为65%。2、按照就医类别：（1）门诊报销：在村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，镇卫生院就诊报销40%，二级医院就诊报销30%，三级医院就诊报销20%。（2）住院报销：镇卫生院报销60%，二级医院报销40%，三级医院报销30%。（3）大病医疗报销：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%；10001-18000元补偿70%。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第一条为了规范社会保险关系，维护公民参加社会保险和享受社会保险待遇的合法权益，使公民共享发展成果，促进社会和谐稳定，根据宪法，制定本法。第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第三条社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应

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