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公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。劳动者在拖欠工资的维权中需注意什么1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录；2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资；3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁；4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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公司恶意扣除员工工资，属于违法行为。劳动者可以向劳动监察部门进行举报。行政部门会责令用人单位改正。根据相关法律规定，用人单位不得克扣员工的工资且应当按时发放工资。法律依据：《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《劳动合同法》第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

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法律分析：公司未按实际工资缴纳社保员工可以去劳动监察大队举报，或者可以申请劳动仲裁要求单位按实际工资缴纳社保。用人单位向社会保险经办机构申报应缴纳的社会保险费数额时，瞒报工资总额或者职工人数的，由劳动保障行政部门责令改正，并处瞒报工资数额1倍以上3倍以下的罚款。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第六十三条用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。用人单位逾期仍未缴纳或者补足社会保险费的，社会保险费征收机构可以向银行和其他金融机构查询其存款账户；并可以申请县级以上有关行政部门作出划拨社会保险费的决定，书面通知其开户银行或者其他金融机构划拨社会保险费。用人单位账户余额少于应当缴纳的社会保险费的，社会保险费征收机构可以要求该用人单位提供担保，签订延期缴费协议。

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