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运输合同纠纷可以通过协商，调解，仲裁和诉讼方式处理。如果可以协商，由双方当事人按照协议内容处理。托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。《民法典》第八百一十条从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求。

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发生运输合同纠纷的处理方式是：合同中有约定纠纷解决方式的按照合同约定；没有约定的，当事人可以进行协商；协商不成的可以申请有关组织进行调解；有仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁；同时可以向法院起诉。法律依据：《民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：（一）当事人的姓名或者名称和住所；（二）标的；（三）数量；（四）质量；（五）价款或者报酬；（六）履行期限、地点和方式；（七）违约责任；（八）解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

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运输合同纠纷可以通过当事人协商，人民调解委员会或者其他第三方机构调解、根据仲裁条款或者仲裁协议申请仲裁，以及向有管辖权的法院提起诉讼来解决。诉讼是解决合同纠纷的最终形式，在协商、调解不成以及无法达成仲裁协议的情况下才可以提起。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第八百零九条运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。

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